《星际大争霸》的故事背景是设定在一个遥远的星系，他们正处于一个称为「第七个千年」的时期。十二个殖民地（行星）上的人类已经跟一种称为赛隆人（Cylons）（香港译为「西朗星人」）的机器人进行了长达千年之久的战争，赛隆人的目的是要灭绝所有人类。 　　赛隆人突然透过人类议员巴尔它伯爵（Count Baltar）的外交频道要求和平协议。人类领导者和舰队指挥官们，被赛隆人的和平协议弄得自满和松懈。所有人类的战舰，包括称为战星（battlestar）的十二艘母舰，被邀请前往参加停战会谈，以完成和平协议的最后步骤。这其实是个骗局——巴尔它为了追求个人的权利和荣耀，因而背叛了人类，而且赛隆人并没有真正地计画要和平。 　　艾达玛（Adama）（香港译为「艾当」）, 银河号战舰（Battlestar Galactica）的指挥官，对于赛隆人的动机起疑。他下令由他最好的两个飞行员，艾达玛的长子艾波罗（Apollo）（香港译为「亚波罗」）以及另外一位，进行正规巡逻任务。艾达玛的另一个儿子，萨克（Zac），说服了第二个飞行员让他去。 　　这次的巡逻，发现了许多藏匿着的赛隆战机中队，同时他们也被发现了。赛隆人在巡逻队返回银河号的途中，干扰他们的通讯。萨克的战机被击中，速度减慢，使得艾波罗必须抛下他，才能及早对舰队进行警告。当艾波罗再赶来救人时，萨克已经被赛隆人杀害了。 　　尽管总统的命令是克制，艾达玛还是能够在赛隆战机大队展开攻击前，将银河号进入备战状态，不过其他战星却没办法。结果就是舰队大部分遭到突袭与歼灭。 　　在战争期间，艾波罗告诉艾达玛他发现赛隆战机挂载着燃料槽。艾达玛了解到它们的目的是延伸赛隆基地舰（basestar）的战机攻击范围。他命令银河号撤退，以能及时保卫它的家园，凯布卡（Caprica）。 　　不过一切都太迟了，到家之后他发现只剩下遭到赛隆基地舰蹂躏的废墟。艾达玛接着了解到所有十二个殖民地都是同样的命运。在毁灭人类的殖民地之后，这些基地舰便继续前往「停战会谈」地点去摧毁剩下的战星。 　　殖民地文明面临毁灭，赛隆人也持续灭绝人类的行动。艾达玛呼吁每艘可以升空的太空船逃离赛隆人前来。唯一的希望是银河号可以保护这个舰队越久越好，让他们可以找到传说中的第十三个人类殖民地——地球。也许地球有足够的科技，可以击败赛隆人。传说和神话记载这个殖民地只有寇伯（Kobol）的最后贵族知道。寇伯这个行星，早在千年以前人类大举前往探索外太空时期，就已经废弃了。 　　协助艾达玛寻找地球的是泰（Tigh）上校，银河号的大副，以及由艾波罗（艾达玛剩下的儿子）、史巴克（Starbuck）（香港译为「亚毕」）、与布玛（Boomer）领导的毒蛇机（viper）飞行员中队。赛隆领导人轻蔑地窝藏一个短暂有用的背叛者--巴尔它，决定处决他。在电影里面，巴尔它被斩首。不过在电视影集里面，死刑在斩首之前暂停以让他帮助赛隆人猎杀剩下的人类。 　　银河号和逃难太空船组成的流亡舰队，在度假星球凯乐隆（Carillon）周围，获得了短暂的喘息机会。但是凯乐隆上的原住民欧比人（Ovions）的目的，其实是拖住人类，以让赛隆人聚集兵力来摧毁人类舰队。欧比人利用这个情况，绑架难民舰队的航员和旅客以做为食物。艾波罗和史巴克在调查伙伴失踪事件时，发现了这个阴谋。在救出被囚禁的伙伴之后，艾波罗和史巴克在与赛隆人交火之际，点燃了行星地底下埋藏的泰里恩（Tylium）矿藏。 　　在此同时，新的议会相信赛隆人已经被远远地抛在后头，所以坚持应该要趁机举行庆祝会。议会安排了派对和颁奖宴会，要求所有战机飞行员都要参加，一位坦率的议员更要求不准带武器，完全忽略赛隆人的威胁。赛隆人以为所有的战机飞行员都参加了凯乐隆星上的颁奖宴会，就对轨道上的银河号发动战机攻击。不过艾达玛和泰早就怀疑这是陷阱，所以安排由地勤人员伪装成大部份的战机飞行员。真正的飞行员一直在待命，并成功地击退了赛隆战机。 　　再一次地，艾波罗知道赛隆战机无法在没有补给船的情况下远航。艾波罗和史巴克前往猎杀这些另外的舰艇，然后在凯乐隆星的背面发现了一艘赛隆基地舰。在违抗艾达玛指挥官的返航命令后，艾波罗和史巴克决定尝试摧毁它，让难民舰队可以逃避追击。他们两人使用无线电通讯来愚弄赛隆人，让它们以为至少有六个毒蛇机中队即将前来攻击。赛隆基地舰下降进入凯乐隆星的大气层以躲避侦测，却被火网爆破凯乐隆星时一同被摧毁。 　　尽管获得了胜利，人类意识到，赛隆人仍会继续追击他们，所以他们展开了他们「孤独的探索旅程，找寻一颗以地球为名的闪亮行星。」